Infections urinaires

Dernière mise à jour : 3 décembre 2024

Classification des infections urinaires

Quelques principes

Aux urgences

Pour tout patient présentant un problème urinaire, demander une tigette, un sédiment urinaire et une culture d’urines (RUSUCU) sur des urines mi-jet après toilette génitale. Prélever 2 paires d'hémocultures pour toute infection autre qu’une cystite, uniquement si :

pas possible d'obtenir des urines avant d'instaurer les antibiotiques
ET/OU
prescription récente (< 72h) d'antibiotiques
ET/OU
facteurs de gravité/facteurs de risque de complication

Interprétation des cultures

Leucocytes : la présence d’une leucocyturie n’est pas la preuve d’une infection active. Par contre, une infection urinaire est très peu probable en son absence (< 25 /mm³ ). Ceci reste valable pour les patients porteurs de sonde urinaire.

Bactéries : La mise en évidence de 2 agents infectieux (ou plus) à la culture (sur une seule culture urinaire) fait suspecter une contamination de l’échantillon. Une nouvelle culture est souhaitable.

Quand considérer une infection urinaire?

Signes cliniques, leucocyturie et une seule espèce bactérienne (uropathogène reconnu) ≥ 10⁵ CFU/mL, à l’exception de :

≥ 10⁴ CFU/mL (une seule espèce) :
- femmes + dysurie
- prostatite
- enfants
- pyélonéphrite aigüe

1 Bactériurie asymptomatique

Définition :

Présence de germes sans symptômes avec ou sans leucocyturie.
La plupart des bactériuries sur sonde sont des bactériuries asymptomatiques.

Screening recommandé et traitement uniquement :

Avant une procédure invasive génito-urinaire (incluant le remplacement des sondes JJ) avec risque de saignement de la muqueuse
Chez les femmes enceintes entre 12 et 16 semaines de grossesse ou à la première consultation prénatale (si plus tard) ; la fréquence des contrôles ultérieurs n’est pas définie → débattu dans la littérature

Pour les patients transplantés rénaux :

(prévalence de la bactériurie asymptomatique : ~ 25 %, un mois après la transplantation)
Le dépistage des patients en post-greffe rénale n’est pas recommandé dans la littérature (3).
Les recommandations s’opposent au dépistage et au traitement au-delà d’un mois post-greffe.

Pour tous les autres patients [y compris les patients diabétiques (prévalence de la bactériurie asymptomatique : ~ 15%) ou porteurs de sonde urinaire (prévalence de la bactériurie asymptomatique > 50 % après une semaine et 100 % après un mois)] :

→ pas de symptôme = pas de culture, pas de traitement !

Chez les patients âgés, la symptomatologie d'une infection urinaire est souvent moins marquée ou atypique (confusion, chutes, décompensation d’une comorbidité…). Il est également fortement recommandé d’éliminer d’autres sites infectieux autre qu’urinaire, en présence d’une bactériurie, car une colonisation urinaire est fréquente chez ces patients.
(Prévalence de la bactériurie asymptomatique chez les patients âgés > 70 ans : ~ 15%)

NB: La candidurie ne se recherche pas car celle-ci ne se traite pas. En cas de découverte d’un Candida dans les urines, il faut rechercher une localisation systémique (hémocultures, fond d’œil, localisation cutanée ou organique, etc.). En cas de candidurie symptomatique, il est conseillé d’obtenir l’avis d’un infectiologue, car il s’agit d’une entité diagnostique très débattue dans la littérature. A noter que seul le Fluconazole permet d’obtenir des concentrations thérapeutiques au niveau urinaire.

!!! Pas de traitement empirique, antibiothérapie ciblée avec le spectre le plus étroit possible en fonction de l’antibiogramme !!!

Type	Germes	Traitement	Durée
Patient subissant une procédure invasive génito-urinaire (incluant le remplacement des sondes JJ)	Le prélèvement d’urines doit avoir été réalisé maximum 7 jours avant l’intervention ⇒ Si la culture est négative ⇒ Se référer au chapitre « Antibioprophylaxie » ⇒ Si la culture est positive ⇒ Se référer à la section « Traitement » de ce tableau	Pas de traitement empirique, antibiothérapie ciblée avec le spectre le plus étroit possible en fonction de l'antibiogramme ! Traitement à privilégier si sensible : Fosfomycine PO 3 g le veille au soir + 3g le jour de l’intervention Traitement a priori à éviter : fluoroquinolones	1 à 2 doses ¹
Femme enceinte²	Voir culture ³	Pas de traitement empirique, antibiothérapie ciblée avec le spectre le plus étroit possible en fonction de l'antibiogramme !
Femme enceinte²	Voir culture ³	Traitement à privilégier : Fosfomycine PO 3 g en une prise Nitrofurantoïne⁴ PO 100 mg/8h Triméthoprim/sulfamétoxazole⁵ PO 800 mg/160 mg/12h (pas au 1^er trimestre) Céfuroxime axétil PO 500 mg/8h	1 j 5 - 7j 5 - 7 j 5 - 7 j

¹ Pour les antibiotiques autres que la fosfomycine : une dose d’antibiotique 30 à 60 minutes avant la procédure et une dose d’antibiotique après la procédure, sans dépasser une durée de couverture de 24h (exemple : 1 seule dose suffisante pour l’amikacine, la ceftriaxone,.. par contre il convient de répéter l’administration d’antibiotiques dont la fréquence d’administration est < 24h)
² Sites internet permettant d’évaluer les médicaments qui peuvent être prescrits ou à éviter chez les femmes enceintes ou allaitantes : www.le-crat.fr; www.cybele.be
³ Une culture d’urine positive à Streptococcus agalactiae (Strepto B) chez une patiente enceinte représente un facteur de risque décisionnel pour l'antibioprophylaxie intrapartum. La patiente doit systématiquement recevoir une antibioprophylaxie en intrapartum ciblant le streptocoque du groupe B. NB : il n'est plus nécessaire de faire un screening génito-rectal à 35 - 37 semaines. Le résultat n’est plus d'aucune utilité pour la décision de l'antibioprophylaxie ou non.
⁴ Ne pas utiliser si GFR < 40 mL/min
⁵ Pas pendant le premier trimestre de grossesse et l’administration doit être arrêtée 14 jours avant la date prévue de l’accouchement.

Cystite

Pré-requis : se référer aux critères diagnostiques (Quelques principes)

2 Cystite simple

Type	Germe	Traitement	Durée (4)
Chez la femme	Entérobactéries (E. coli 80 - 85 %) Staphylococcus saprophyticus Enterococci	Préférer : Nitrofurantoïne ¹ PO 100 mg/8h OU Fosfomycine PO 3 g en une prise Alternative : Triméthoprim/sulfamétoxazole ² PO 800 mg/160 mg/12 h	5 j 1 j 3 j

¹ Pas utiliser si GFR < 40 mL/min
² Si pas reçu AB < 3 mois

3 Cystite à risque de complication

Cystite à risque de complication = Risque d’échec thérapeutique pour des raisons :

Soit fonctionnelles ou anatomiques (vessie neurogène, reflux, lithiase, sonde urinaire, anomalies urétrales et urétérales, etc.)
→ Contrôle des anomalies fonctionnelles ou anatomiques sous-jacentes indispensables ; la durée du traitement reste similaire au tableau ci- dessous.
Soit de résistance (cf. introduction du chapitre « Classification des infections urinaires – Algorithme ») : avis infectiologue si symptomatologie persistante
→ Considérer de faire culture d’urine et adapter l’antibiothérapie sur base de l’état clinique et/ou de l’antibiogramme.

Type	Germes	Traitement	Durée
Cystite à risque de complication	Entérobactéries (E. coli 80 - 85 %) Staphylococcus saprophyticus Enterococci	Préférer ¹: Fosfomycine PO 3 g en une prise ou Nitrofurantoïne³ PO 100 mg/8h	1 j ² 7 j
Cystite chez la femme enceinte	Entérobactéries (E. coli 80 - 85 %) Staphylococcus saprophyticus Enterococci	Nitrofurantoïne³ PO 100 mg/8h ou Fosfomycine PO 3 g/48h⁴ ou Céfuroxime axétil PO 500 mg/8 h	7 j 5 j⁴ 7 j
Cystite chez l'homme = diagnostic d'exclusion ⁵	Entérobactéries Enterococci	Préférer : Ciprofloxacine PO 500 mg/12 h (si absence de FR d’infection due à des pathogènes résistants aux fluoroquinolones⁶) Alternative : Triméthoprim/sulfamétoxazole⁷ PO 800 mg/160 mg/12 h	7 j 7 j

¹ Ces deux antibiotiques gardent une bonne activité sur les bactéries Gram négatif de type β-lactamases à spectre élargi (EBLSE).
² Administration d’une dose supplémentaire à J3 peut se discuter
³ A ne pas utiliser si GFR < 40 mL/min
⁴ Trois sachets de Fosfomycine PO, espacés de 48h : à donner à J1-J3-J5
⁵ Rechercher une urétrite ⇒ PCR Gonocoque et Chlamydia sur urines en cas de rapports sexuels non protégés et culture urinaire positive et / ou symptômes (cfr. chapitre « Infections sexuellement transmissibles ») Une cystite chez l’homme ne peut être considérée qu’uniquement en l’absence de pyrexie et en cas de résolution rapide des symptômes dans les 72 h d’une antibiothérapie efficace. En cas de doute diagnostic, le toucher rectal et le dosage PSA total (le dosage est à réaliser avant le toucher rectal) peuvent être intégrés au raisonnement diagnostic.
⁶ cf. introduction de ce chapitre « Classification des infections urinaires - Algorithme »
⁷ Si pas reçu AB < 3 mois

Infection urinaire ascendante

4 Pyélonéphrite simple (chez la femme et l'homme)

Type	Germes	Traitement	Durée ⁴
Retour à domicile ¹	Entérobactéries (E. coli 80 - 85 %) Staphylococcus saprophyticus Enterococci	[Ciprofloxacine PO 500 mg/12 h ou Lévofloxacine PO 750 mg/24 h] ± Amikacine IV 25-30 mg/kg en dose unique²	7 j 5 j
Hospitalisation sans risque de Pseudomonas aeruginosa ou BGN-MDR ²	Entérobactéries (E. coli 80 - 85 %) Staphylococcus saprophyticus Enterococci	Ceftriaxone IV 2 g/24 h ± Amikacine IV 25 - 30 mg/kg en dose unique ^3,4 Alternative : Ciprofloxacine 500mg/12 h ± Amikacine IV 25 - 30 mg/kg en dose unique si FR ^4,5	7 - 10 j ^5,6,7
Hospitalisation avec risque de Pseudomonas aeruginosa ou BGN-MDR ²	Entérobactéries Pseudomonas aeruginosa Enterococci Staphylococcus aureus	[Pipéracilline-tazobactam IV 4 g/8h en 4h (perfusion prolongée) ou 4 g/6 h en 30 min (perfusion intermittente) ou Céfépime IV 2g/8h ou 2g/12h en 12h(perfusion continue)] + Amikacine IV 25 - 30 mg/kg en dose unique ^3,4 Alternative : Ciprofloxacine 750mg/12 h + Amikacine IV 25 - 30 mg/kg en dose unique ^3,4,9	7 - 10 j ^5,6,7

¹ Retour à domicile : pas de critère clinique de gravité et pas de facteur aggravant (obstacle) et résultats de la culture à adresser au médecin généraliste
² Facteurs de risque BGN-MDR : Cfr introduction de ce chapitre « Classification des infections urinaires - Algorithme »
³ Critères cliniques de gravité ou facteurs aggravants (obstacles)
⁴ Quelle que soit la fonction rénale
⁵ Si traitement strictement IV ou relais PO par fluoroquinolones/ triméthoprim-sulfaméthoxazole: durée de traitement : 7 jours ; si relais PO par une autre molécule, durée de traitement : 10 jours
⁶ Durée de 7 jours probablement suffisante pour la plupart des infections, si évolution favorable à 48h, y compris les infections bactériémiantes. (5)
⁷ En l’absence d’évolution favorable après 48h à 72h, vérifier l’identification des cultures et également s’il n’y a pas de complication de type abcès
⁸ Céfépime en perfusion continue : Dose de charge : 2g en 30 minutes, puis 2 g/12h - Monitoring thérapeutique recommandé
⁹ En particulier si sepsis ou choc septique ; doses à renouveler sur avis infectio.

5 Pyélonéphrite à risque de complication

Les molécules restent les mêmes. Les durées de traitement peuvent changer : durée maximum de 10 jours ; considérer 14 jours chez la femme enceinte.

Bactériémie après manipulation uro-génitale ou obstacle urinaire (sans pyélonéphrite ; sans abcès ; sans prostatite)

Priorité : lever l’obstacle
Traitement similaire à la pyélonéphrite (FQ ou SMX/TMP IV ou PO) mais durée de traitement 7 jours

Abcès rénal ou infection de kyste vrénal

Diagnostic d’une infection de kyste (pas pour l’abcès) : PET-CT
Avis d’un urologue à visée de drainage
Durée d’antibiothérapie prolongée : 3-6 semaines, selon la qualité du drainage

Infection sur sonde urinaire

Définition d’une infection sur sonde urinaire :

Présence d’une sonde vésicale en place depuis plus de 48h (ou retirée depuis moins de 48h)
Culture urinaire positive (> 105 CFU/ml, maximum 2 germes)
Minimum un des symptômes suivants : T° > 38°C, douleur supra-pubienne, douleur costo-musculaire, urgenturie, dysurie, pollakiurie

Une infection sur sonde urinaire se diagnostique sur base de signes cliniques (bas et/ou hauts) et non sur un aspect suspect des urines (floconneuses, malodorantes, sales, etc.).
A noter que la prévalence de la bactériurie asymptomatique est > 50 % après une semaine et 100 % après un mois

Pour les prélèvements bactériologiques, ne pas prélever d’urines sur le cathéter en place :

Si le cathéter urinaire peut être enlevé : l’analyse d’urines doit être réalisée après retrait.
Si le cathéter urinaire doit rester : l’analyse d’urines doit être réalisée après changement du cathéter en particulier si celui-ci est en place depuis plus de 2 semaines.

En cas de cystite, il faut considérer une cystite à risque de complications ⇒ 3
En cas d’infection urinaire ascendante ⇒ 4 5
En cas de prostatite ⇒ 6

⇒ Durée de traitement retenue en fonction de l’entité retenue (cystite, pyélonéphrite, prostatite)

6 Prostatite

Prélèvement bactériologique AVANT de débuter l’antibiothérapie.

Cibler en fonction de la sensibilité de l’antibiogramme
Privilégier une fluoroquinolone ou le triméthoprim-sulfaméthoxazole

Type	Traitement	Durée (4)
Prostatite aiguë	Traitement empirique cf. Pyélonéphrite Relais per os à privilégier : Triméthoprim-sulfaméthoxazole PO 800 mg/160 mg/12 h ou Ciprofloxacine PO 500 – 750 mg/12 h ou Lévofloxacine PO 750 mg/24 h Si bactérie résistante : Avis d'un infectiologique	14 j
Prostatite chronique	Antibiothérapie ciblée en fonction de l'antibiogramme Avis infectiologique & urologue recommandés	4 - 6 semaines

Références

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Bonkat G, Bartoletti R, Bruyère F, Cai T, Geerlings SE, Köves B, et al. EAU Guidelines on Urological Infections. Eur Assoc Urol 2023. 2023;(March):18–20.
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